Tant au niveau politique qu'éducationnel et institutionnel progressant rapidement, l'université An-Najah rencontre plusieurs défis. La Palestine étant sur le point d'être un État indépendant, An-Najah se considère responsable de fournir des citoyens éduqués et bien formés, nécessaires pour construire la base d'un nouvel État. L'université participe également au développement de la Palestine dans les domaines technologique, scientifique, social et économique, tout en s'adaptant aux obstacles qu'elle pourrait rencontrer dans les années à venir. Par ailleurs, les diplômés de l'université An-Najah doivent assimiler un savoir, des compétences et un esprit innovateur, nécessaires pour subvenir aux besoins de leur société, qui connaîtra grâce à eux, un avenir meilleur. Enfin, la recherche scientifique se doit d'être importante et pionnière, surtout dans les domaines appliqués et technologiques.
L'université a trois missions prioritaires : l'enseignement, la recherche et le service social. La mission de l'enseignement est incontestablement la plus importante et la plus complexe. En matière d'enseignement, l'université a pour objectif d'offrir une formation diplômante de haute qualité. De plus, l'université accorde beaucoup d'importance à la recherche scientifique et l'intègre dans sa mission pédagogique. En effet, elle soutient la recherche appliquée ainsi que la recherche fondamentale. Enfin, l'université a aussi pour mission de rendre service à la communauté locale palestinienne, en apportant un savoir spécialisé, capable de résoudre les problèmes rencontrés dans la société palestinienne. Ceci nécessite évidemment l'identification des problèmes qui existent déjà et ceux qui pourraient se manifester. Il est primordial de consacrer du temps et des efforts pour les résoudre, d'autant plus que la Palestine s'oriente vers une nouvelle ère, celle de l'indépendance.